یکی دیگر از بخش‌های کلیدی، سیستم کنترل است که به کاربر اجازه می‌دهد صندلی را به سمت جلو، عقب، چپ یا راست هدایت کند. این سیستم می‌تواند شامل دسته‌های کنترلی باشد که با حرکت دست کاربر کنترل می‌شود یا از طریق تکنولوژی‌هایی مانند جوش‌دهی حرکتی یا صفحه لمسی کار کند. همچنین برخی از صندلی‌های چرخ‌دار برقی دارای قابلیت‌هایی مانند کنترل از راه دور و تلفن‌های هوشمند هستند که راحتی بیشتری را برای کاربران فراهم می‌کند.